Dans le cas de l’obtention ou de la prolongation d’un congé de longue maladie ou d’un congé de longue durée, c’est le comité médical qui est chargé de l’étude de la situation de l’agent. Dés lors, le comité prend connaissance du dossier de l’agent, rencontre son médecin traitant puis fait procéder à une contre-visite par un médecin agréé.
« Le comité médical statue après avoir entendu, le cas échéant, le médecin chargé de la contre-visite et le médecin choisi par le fonctionnaire ».
Le comité médical compétent donne un avis à l’administration qui le communique immédiatement à l’intéressé puis, le cas échéant, le soumet, à son initiative ou à la demande du fonctionnaire, au comité médical supérieur.
« Au terme de cette procédure de contrôle, l’administration prend une décision qui ne peut plus être contestée par le fonctionnaire que par les voies les voies de recours gracieux(1) ou hiérarchique(2) […] et de recours contentieux devant la juridiction administrative qui, bien entendu, ne sont pas suspensives. »

(1)    Le recours gracieux s’adresse à l’autorité administrative qui a pris la décision (Inspecteur d’académie ou Recteur)
(2)    Le recours hiérarchique s’adresse à l’autorité supérieure de l’auteur de la décision contestée (Recteur ou Ministre)

Références :

Loi n° 86-16 du 11 janvier 1986 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l’Etat
Décret n° 86-442 du 14 mars 1986 relatif à la désignation des médecins agréés, à l’organisation des comités médicaux et des commissions de réforme, aux conditions d’aptitude physique pour l’admission aux emplois publics et au régime de congés de maladie des fonctionnaires.
Circ. n° 1711, 34/CMS et 2B 9 du 30 janvier 1989 : protection sociale des fonctionnaires et stagiaires de l’Etat contre les risques maladie et accidents de service.